В состав ихтиофауны Балтийского моря входит около 70 видов рыб; из них промысловое значение имеют салака, килька, треска, некоторые камбалы, лещ, щука, сиги, угорь, корюшка, лосось, сырть и минога. Численность промысловых рыб Балтийского моря (трески, салаки и кильки) подвержена значительным колебаниям. Общая добыча рыбы на Балтике может стабильно держаться в объеме 1,8-2,0 млн. ц в год, в том числе: салаки 700 тыс. ц, трески 650 тыс. ц, кильки 600 тыс. ц. Предполагается акклиматизировать новые ценные сорта рыб: белугу, сибирского и каспийского осетров, байкальского омуля, обскую стерлядь. Есть уже первые успешные опыты в этом направлении. Но Балтийское море уязвимо, и перед ним стоит много проблем. Этим летом мы все ещё раз имели возможность убедиться, как далеко зашёл процесс эвтрофикации Балтийского моря, и "цветение" воды из-за массового развития сине-зелёных водорослей - лишь один из наглядных примеров того, насколько серьёзна ситуация. Эвтрофикацией называется процесс ухудшения качества воды из-за избыточного поступления в водоем так называемых «биогенных элементов», в первую очередь соединений азота и фосфора, которыми питаются сине-зеленые водоросли. В прошедшем столетии в результате техногенной деятельности человека объемы фосфора в бассейне Балтийского моря возросли в восемь раз, а азота в четыре раза. В результате в Балтийское море попадает ежегодно 200 000 тонн азота и 5 000 тонн фосфора.
Данное воздействие на экосистему Балтийского моря привело к к увеличению биомассы зоопланктона, а следовательно, к дефициту кислорода. Многие организмы погибают от нехватки кислорода и опускаются на дно, и анаэробные микроорганизмы, разлагая их, выделяют ядовитые сероводород и фенолы. Разнообразие форм жизни в Балтийском море уменьшается, так как на настоящий момент отдельные участки морского дна мертвы, а некоторые биотопы - полностью уничтожены. Это, в свою очередь, привело к уменьшению численности популяций одних видов, в то время, как численность других неконтролируемо увеличивается. Влияние эвтрофикации на видовой состав рыбы следующий: в акватории Балтийского моря наблюдается размножение прежде всего плотвы и тех видов рыбы, которые питаются зоопланктоном. В середине 80-х годов половина рыбной биомассы приходилась только на плотву. . Наблюдаемый дисбаланс свидетельствует, что эвтрофикация является одной из наиболее серьёзных проблем, которая стоит перед природной компонентой Балтийского моря.
Кроме того сине-зеленые водоросли во время своего цветения выделяют различные токсины, которые очень ядовиты для человека. Запрет на купание стал печальной реальностью на многих пляжах Швеции, Дании, Финляндии, а в прошедшем году также и в Эстонии. В середине июля из-за водорослей для купания в нашей стране были закрыты морские побережья в Пирита и на Штромке в Таллине, а также в Тойла и Нарва-Йыэсуу на северо-востоке страны.